- Лаборатория математической кибернетики
- Лаборатория синтеза технических систем
- Лаборатория автоматизации процессов проектирования
- Лаборатория робототехнических систем
- Лаборатория логического проектирования
- Лаборатория компьютерной графики
- Лаборатория высокопроизводительных систем
- Лаборатория моделирования самоорганизующихся систем
- Научно-исследовательский отдел "Республиканский суперкомпьютерный центр коллективного пользования"
- Лаборатория проблем защиты информации
- Лаборатория информационного обеспечения научных исследований
- Отдел администрирования и развития академсети
- Отдел телекоммуникаций академсети
- Отдел технологий цифровой трансформации
- Лаборатория картографических систем и технологий
- Лаборатория обработки и распознавания изображений
- Лаборатория биоинформатики
- Лаборатория информационно-аналитических систем
- Лаборатория аэрокосмического мониторинга
- Совместных программ космических и информационных технологий
- Интеллектуальных информационных систем
- Лаборатория распознавания и синтеза речи
- Лаборатория идентификации систем
- Лаборатория анализа биомедицинских изображений
В соответствии с Указом Президента Республики Беларусь от 29 ноября 2023 г. № 381 «О цифровом развитии» ГНУ «Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси» определен «офисом цифровизации» Национальной академии наук Беларуси.
Для обеспечения деятельности «офиса цифровизации» в Объединенном институте проблем информатики Национальной академии наук Беларуси создано структурное подразделение – ЦЕНТР СОПРОВОЖДЕНИЯ ЦИФРОВОГО РАЗВИТИЯ НАЦИОНАЛЬНОЙ АКАДЕМИИ НАУК БЕЛАРУСИ, который включает два отдела.
В соответствии с постановлением Совета Министров Республики Беларусь от 23 декабря 2022 г. № 908 «О новой версии интегрированной автоматизированной системы контрольной (надзорной) деятельности в Республике Беларусь» функции оператора новой версии ИАС КНД с 1 марта 2023 года выполняет государственное научное учреждение «Объединенный институт проблем информатики Национальной академии наук Беларуси».